De kraamkolonies bevinden zich rond gebouwen en in rotsspleten, maar ook achter verkeersborden en in vleermuiskasten. In deze kraamkolonies bevinden zich gemiddeld tachtig dieren, maar dit getal kan tot duizend dieren oplopen. De dwergvleermuis overwintert in gebouwen en in bomen. Ze beginnen later aan hun winterslaap dan andere vleermuizen, pas in november of december. Ook 's winters laten ze zich nog vaak zien. Ze overwinteren zelden in grotten, alhoewel er kolonies van honderdduizenden dieren worden aangetroffen in een grot, bijvoorbeeld in Roemenië. Meestal overwinteren ze in gemengde groepjes van tien tot twintig dieren.