Rond 1900 een gewone broedvogel. Een voorzichtige schatting komt op tenminste 10.000 tot 20.000 broedparen. Rond 1975 waren nog zo'n 2000-3000 paren over, nu is dat verder geslonken tot 1.000 tot 1.250 paren. De afname van de zwarte stern kent verschillende oorzaken. Erg belangrijk is de grootscheepse afname van krabbescheer, de belangrijkste leverancier van nestgelegenheid.Op plaatsen waar afname van het aanbod aan nestplaatsen het grootste probleem is, kan de soort geholpen worden met het aanbrengen van nestvlotjes. Lokaal hebben dergelijke vlotjes hun nut al bewezen.